{"id":5249,"date":"2021-01-29T11:53:02","date_gmt":"2021-01-29T10:53:02","guid":{"rendered":"http:\/\/www.italiaeconomiaonline.it\/web\/?p=5249"},"modified":"2021-01-29T11:54:53","modified_gmt":"2021-01-29T10:54:53","slug":"cnr-un-nuovo-software-per-lanalisi-genomica-del-sars-cov-2","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.italiaeconomiaonline.it\/web\/cnr-un-nuovo-software-per-lanalisi-genomica-del-sars-cov-2\/","title":{"rendered":"Cnr: Un nuovo software per l\u2019analisi genomica del SARS-CoV-2"},"content":{"rendered":"

U<\/span>no studio condotto dal<\/em>l\u2019Istituto di biomembrane, bioenergetica e biotecnologie molecolari del Cnr <\/strong><\/em>di Bari<\/strong>, assieme all\u2019Universit\u00e0 degli Studi di Bari<\/strong> e all\u2019Universit\u00e0 Statale di Milano<\/strong>, ha permesso di realizzare un applicativo per facilitare l\u2019analisi del genoma del coronavirus. <\/em><\/p>\n

La piattaforma, accessibile senza alcun tipo di vincolo o restrizione, <\/em>rappresenta un utile strumento per capire i possibili effetti funzionali delle \u201cvarianti\u201d del genoma del virus, con potenziali implicazioni anche per lo sviluppo di terapie e vaccini. Il metodo \u00e8 stato pubblicato su <\/em>Bioinformatics<\/p>\n

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Un team di ricercatori dell\u2019Istituto di biomembrane, bioenergetica e biotecnologie molecolari del Consiglio nazionale delle ricerche (Cnr-Ibiom) di Bari, dell\u2019Universit\u00e0 Aldo Moro di Bari e del Dipartimento di bioscienze dell\u2019Universit\u00e0 Statale di Milano ha recentemente sviluppato un nuovo strumento software per facilitare l\u2019analisi del genoma del coronavirus SARS-CoV-2, l\u2019agente patogeno che causa il COVID-19. Lo studio \u00e8 stato pubblicato sulla rivista Bioinformatics<\/em>.<\/p>\n

Durante la pandemia sono stati sequenziati e resi disponibili pi\u00f9 di 400 mila sequenze genomiche appartenenti a differenti ceppi del patogeno isolati in diverse regioni del mondo. L\u2019analisi di questa mole di dati ha richiesto lo sviluppo di nuovi strumenti e metodi informatici dedicati. Per contribuire a rispondere a queste esigenze, gli autori dello studio hanno sviluppato CorGAT (Coronavirus Genome Analysis Tool), uno strumento dotato di un\u2019interfaccia web che ne facilita l\u2019utilizzo e accessibile a tutta la comunit\u00e0 scientifica.<\/p>\n

\u201cCorGAT consente di confrontare le sequenze di uno o pi\u00f9 virus in pochi secondi ed esegue in maniera rapida e veloce l\u2019annotazione funzionale del genoma di SARS-CoV-2, un processo che \u00e8 in grado di identificare le principali differenze tra i genomi di diversi ceppi del virus e di predirne le possibili implicazioni funzionali\u201d, afferma Graziano Pesole del Cnr-Ibiom. \u201cLo strumento \u00e8 stato sviluppato per incorporare la maggiore quantit\u00e0 di informazioni possibile e integra una serie di risorse e sistemi originali per l\u2019annotazione del genoma. Allo stato attuale CorGAT \u00e8 probabilmente il pi\u00f9 aggiornato e accurato sistema per eseguire questo tipo di analisi\u201d.<\/p>\n

Applicando CorGAT a pi\u00f9 di 50.000 sequenze genomiche, gli autori dello studio sono stati in grado di delineare le dinamiche evolutive di SARS-CoV-2 e di individuare le regioni del genoma che accumulano pi\u00f9 mutazioni. \u201cLa parte pi\u00f9 variabile del genoma di SARS-CoV-2 \u00e8 associata a un elemento di struttura secondaria noto come s2m, che in questo coronavirus sembra avere una struttura meno efficiente e definita rispetto a quella osservata in altri virus dello stesso tipo\u201d, continua Pesole. \u201cBench\u00e9 le implicazioni funzionali di queste osservazioni non siano completamente chiare \u00e8 indubbio che l\u2019applicazione su larga scala di CorGAT e di strumenti simili faciliter\u00e0 lo studio dei possibili effetti delle nuove varianti nel genoma di SARS-CoV-2, contribuendo indirettamente anche alla progettazione di farmaci e vaccini\u201d.<\/p>\n

La rapida identificazione di ceppi virali emergenti o di varianti genetiche potenzialmente associate a nuove caratteristiche \u00e8 uno degli obiettivi pi\u00f9 importanti della \u201csorveglianza genomica\u201d: lo studio del genoma dei patogeni, e si applica, ad esempio, per l\u2019identificazione e caratterizzazione delle cosiddette \u201cnuove varianti del virus\u201d, venute recentemente alla ribalta. \u201cLa sorveglianza genomica rappresenta una delle prime linee di difesa per il controllo della diffusione dei patogeni umani ed \u00e8 una risorsa fondamentale per lo sviluppo di terapie e vaccini\u201d, conclude il ricercatore Cnr-Ibiom.<\/p>\n

CorGAT \u00e8 liberamente accessibile al seguente link: http:\/\/corgat.cloud.ba.infn.it\/galaxy<\/a> e viene aggiornato costantemente, per offrire informazioni sempre pi\u00f9 accurate e precise. Lo strumento \u00e8 stato realizzato con il supporto della piattaforma cloud Laniakea<\/a>, resa disponibile dalla Compute Platform del nodo italiano dell\u2019Infrastruttura di ricerca europea ELIXIR per le Scienze della vita, coordinata dal Cnr sotto la responsabilit\u00e0 di Pesole.<\/p>\n

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Hanno partecipato alla ricerca,<\/p>\n